La Patagonia presenta una serie de climas y microclimas, dependientes del relieve, el mar y los vientos de la región. A diferencia del resto del país, donde los Andes son el límite natural de Chile con Argentina, en la Patagonia, los Andes limitan con el Océano Pacífico directamente. Esto influye en el clima, litoral e insular (Aysén) con 6.000 mm de lluvia anual en algunos sectores, transición (Coyhaique) con 950 mm y pampa o estepa (Balmaceda) con 500 mm.
Los mejores meses para visitar la zona son de Septiembre a Marzo.